お久しぶりです。
最近fubに戻ってきました。またお世話になります。

本題
fubのマウスジェスチャーと、
ホイールメッセージをカーソル直下のウィンドウに送るソフト(TTBase + RedirectWheelG)
による不具合です。

具体的には、
1. 問題のソフトを起動する。
2. 右クリックまたはAlt＋ホイールジェスチャーにタブ切り替えを割り当てる
2. Flash上で上記ジェスチャーをする。
3. タブが激しく切り替わり続ける。
となります。

Flash上でのホイールも利かなくなっているので、恐らくホイールメッセージがFlashに取られてしまっているのだと思います。
以前、(.NET 2.0 になる前)使っていたころは問題ありませんでした。

環境
Version: 0.9.4.6
Operating System: Windows XP
Internet Explorer: 6.0.2900.2180