ども。

> 要望なのですが、リンク先がフォルダとかファイルになっているリンクをクリックした際は、fubでは無く、エクスプローラで開けるようにならないでしょうか？

通常、Webサイト上にローカルへのリンクは無いと思うのですが、ローカルHTMLの話でしょうか？
イントラでもありえるのかもしれませんが。

調べてみたところ、HTML上「file://C:/Windows」とリンク先を書いても、
URLマッチングを行っているタイミングではURLは「C:\Windows」になっていました。
これを「file://」として判定できればいいですか？起動するアプリに「explorer.exe」を指定して頂いて。

「C:*」とかをマッチングに指定していただければ、現状のままでも可能です。ドライブが多いと馬鹿馬鹿しいですけど。