はじめまして。

私の自宅の環境がほぼ同じ構成ですので、おそらくFramework3.5は無関係だと
思います。

エラーのほうなんですが、見覚えがありまして、AutoPagerizeのスクリプトエラー
だと思われます。
アラートが出たことはないので、それは環境なのかもしれませんが…

まず、最新のスクリプトに更新してください。
http://madchester.s54.xrea.com/archives/autopagerize.user.js

一旦fubを終了し、ユーザーフォルダの中のscriptenv.xmlを削除または
リネームしてください。自作スクリプト等無ければ削除で構わないと思います。