> 4ヶ月ぶりにここが動いたので驚いてますが。
そう言えば最近覗いても書き込みなかったですねぇ。

全然言葉が足りなくてすいませんでした。
フィルタバーの設定で、「ページ読み込みが完了するまでは抑制する」に設定してあると、新しくタブを開いた時やリンクを新しいタブで開いた時、タブを右クリックで開いた時のメニュー「フィルタ」の中の項目の「Popup」のチェックが外れたままになってしまっていてポップアップが抑制されたままになってしまうと言う事でした。
判り易い所だと「ニコニコ動画」の動画画面の上にある小さな窓、えっと、だいたい「ニワニュース」とかが出てると思うのですが、それをクリックしても新しいタブが開かないという感じになっています。
クリックするとキャプションにアンダーバーが付くのでポップアップ抑制が働いていると思われます。
ニコニコに限らずflashで作られたサイトでflash内部のボタンを押して新しいタブが開く所では軒並み抑制されて開けないと思います。
手動でフィルタのpopupをonにすると動くので読み込み完了しても抑制状態が続いていると思うのですが…。
あと、新規タブを開くで開いた場合もpopupのチェックは外れたままです。

ちなみに今、別の環境でfub.netを新規インストールして最新版に更新、ほぼ同じ状態に設定してこの文章を書いていますが、動作は変わりません。

説明不足の所があって判りにくくて申し訳ありませんでした。
よろしくお願いします。