こんにちは。

> スクリプトは基本OFFでブラウズしていますので
> 設定でOFFにしておいてもスクリプトが動作するというのが
> 大変魅力的なのですが（後略）

酔ってるのもあって文脈が難しく、ここで切ります。
ここまではいわゆるuser.jsのことを指してらっしゃるということで認識は合ってますかね。

> （前略）セキュリティソフトによっては
> アクセス拒否のスクリプトエラーになりますね。
> クロスサイトスクリプティングと言われてるのかも。

恐らく、なのですがセキュリティソフトやクロスサイトスクリプティングは関係無いかと思います。

もし、user.js（AutoPagerize等）の話で、IE8環境でしたらIE8用のテスト版で無いと動きません。
以下のファイルですが、現在自動更新対象となっていないため、手動で更新する必要があります。
http://madchester.s54.xrea.com/archives/test.zip

up2dateのJITコンパイルや、autopagerizeが2種類同梱されているなど、単に落としてきても意味が分からないかもしれません。
もし、fublogのほうを読んでらっしゃらないのでしたら、3/20辺りからIE8対応の話になっているので、読みつつ試してみてください。
http://d.hatena.ne.jp/fublog/