ども。

1つ気になったのですが、Microsoft.mshtml.dll が読み込まれていますが、こちらは古い LinkGrepbar（リンク抽出バー） が誤りで呼んでたはずです。

up2date でデフォルトではなく、「最後に更新した情報と比較せず全て表示する」のチェックを入れて、必要なものにだけチェックを入れて更新してみていただけますでしょうか。

0.9.9.6と0.9.9.9を微妙に使い分けてらっしゃるようなので、使い分けるのでしたら、JITコンパイルもしないほうが良いと思われます。
ここらへんが混在しておかしくなってるようにも見えますので。