> 指定されたキーが押されたメッセージを実際に送っているんですが、その際にOpera風の呼び出しに
> Ctrlとか押されていると、Ctrlを押しながらそのキーを押したことになるんですね。

私だけではないと思いますが、複合キーを押す際は同時には押せないので、基本的に何も機能しないCtrlなどから押すと思います。
当然離す時も単体では機能しないそちらを最後に離します。
で、Ctrl+6で機能が呼び出される瞬間というのは
Ctrl押す
6押す
6離す（ここで呼び出される）
Ctrl離す
の流れになり、SendKeysがCtrl押しっぱなしで呼ばれてしまうのです。
普通の単体で機能するキーと違って、押して上げるのがトリガーではなく、
押しているかの状態が肝のキーなので意味が違ってくるんですよね。