ども。

それではお勧めいただいたものを移植してみます。

> 本家版はいろいろ問題があるので、

IDのついてないアフェリエイトなんだからいいじゃん、とかいう考えなんですかね？
それは構わないけど全てのページで全てのリンクを調べるのに使われる時間が惜しいのに。

> ↓非公式版をお勧めします
> > http://junkfield.client.jp/

それではこちらを対象に。
ざっと見た感じでは改変が必要なのはXPathの部分だけかな？

> > Google x はてブ（Greasemonkey版）
> > http://d.hatena.ne.jp/kusigahama/20051207#p1

こちらもXPathぐらいでしょうか。

> >はてなブックマークの最適なアルゴリズムを探すための>Greasemonkeyスクリプト
> >http://a-h.parfe.jp/einfach/archives/2006/0824175505.html

これはk.inabaさんが作ったのが元々で、Turnabout用なので、多分そちらはそのままfubで動くと思います。
http://www.kmonos.net/wlog/64.html#_2215060820

移植しますと書いたものの、はてブ関連の情報取得は、はてな側でAPIが用意されたので、
現在はそちらを使うほうがいい気もします。もう既に書かれてそうなんでちょっと探してみますが。
http://d.hatena.ne.jp/keyword/%A4%CF%A4%C6%A4%CA%A5%D6%A5%C3%A5%AF%A5%DE%A1%BC%A5%AF%A5%A8%A5%F3%A5%C8%A5%EA%A1%BC%BE%F0%CA%F3%BC%E8%C6%C0API

> 「全サイトはてブ化」は、SleipnirのSeahorse版があったのですが、Firefoxよりもかなり重かったので、断念しました。
> fub.netでは、どのくらいの速度が出るものか気になります^^;

全サイトはてブ化、sleipnirで調べてみたら
9/22に上記はてなのAPIを使ったバージョンに更新されてますよ。
速くなったんじゃないでしょうか。ん？件数が多いと読み込む度に固まるって書いてありますね。
scriptタグに突っ込んでるからじゃないかなあ？