ども。

DLLとかのセット
http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-Bay/6049/fub_net_full.zip
をC:\Program Files (x86)に展開し、fubを起動すると以前の設定（VirtualStoreのデータ）が読み込まれました。
その後、up2dateを
http://d.hatena.ne.jp/fublog/20090527#1243404051
に差し替えて（たしか差し替えなくても変わらなかったような…）、
up2dateを起動して各ファイルを更新した後、fubを起動すると設定がリセット（exeディレクトリに新規作成）されました。

何も変えていないとのことなので謎ですね….net4の挙動とかでしょうか
とりあえずVirtualStoreのデータをコピーすると設定は読み込まれました（当然といや当然ですが）
こういう挙動なんだと思うようにします。

返信ありがとうございました。